Jak wybrać badanie WES?

Większość osób poszukujących badania WES kieruje się ceną. Niestety – w przypadku tego badania cena powinna być jednym z ostatnich aspektów, które decydują o wyborze analizy w danym laboratorium.

Należy pamiętać, że badanie WES badaniu WES nie jest równe! Wynika to z tego, że nie ma jednego ustalonego standardu tworzenia i przeprowadzenia tego badania – nie ma ustawy która by to regulowała, ani instytucji, która w sposób zorganizowany czuwała by nad wiarygodnością i jakością wyników. Każdy element i fragment procesu może być nieco inaczej zaprojektowany co finalnie może mieć wpływ na wygląd wyniku oraz to czy pacjent pozna przyczyną swoich objawów.

Takich szczegółów nie widać 'na pierwszy rzut oka’. Warto więc przed wykonaniem badania WES zebrać jak najbardziej dokładne informacje i mieć pewność co tak naprawdę kupujemy i za co płacimy. Pamiętajmy, że głównym celem analizy jest możliwość poznania przyczyny problemów zdrowotnych, a informacje 'profilaktyczne’, czy wiedza o 'predyspozycjach’ to kwestie drugorzędne – określające jedynie ryzyko, a nie stwierdzające stan zdrowia pacjenta tu i teraz.

Zapraszamy do umówienia się na rozmowę ze specjalistą w sprawie badań genetycznych:

#1. Jaki jest zakres badania WES – jakie rodzaje zmian w genach zostaną sprawdzone?

Odpowiedź na to pytanie jest najistotniejsza – od tego co realnie jest analizowane może zależeć postawienie diagnozy i wprowadzenie leczenia Pacjenta. Choroby genetyczne mogą być spowodowane różnymi rodzajami zmian w genach!

Standardowo badania WES sprawdzają mutacje punktowe w wybranych częściach genów – eksonach. Są to najlepiej poznane części genów.

Jest to jednak minimalny zakres możliwych do sprawdzenia zmian. Jego rozszerzenie to zwiększenie szansy na poznanie przyczyny objawów – a diagnoza to z kolei szansa na poprawę stanu zdrowia pacjenta!

 Co jeszcze sprawdzają najlepsze badania WES?

• znane zmiany głęboko intronowe. Ich sprawdzenie zwiększa szansę na postawienie diagnozy o ok. 11%! Introny to części genów dużo większe od eksonów, równocześnie są słabiej poznane. Duża część naszego DNA ukrytego w intronach wciąż stanowi niewiadomą. Z każdym rokiem jednak wiedza o funkcji intronów poszerza się – najnowocześniejsze badania WES – WES PREMIUM i WES COMPLEX sprawdzają również zmiany głębokointronowe, których działanie i wpływ na zdrowie jest znany i istotny dla Pacjenta.

Naukowcy potrafią już określić sposób działania ok. 22 000 intronów i ustalić, że mogą prowadzić one do rozwoju choroby wrodzonej u pacjenta. Wykrycie takiej zmiany może zaważyć na poznaniu przyczyny objawów. Znane nauce nieprawidłowości w intronach odpowiadają za rozwój ok. 11% chorób wrodzonych. Te 11% to kilka tysięcy dodatkowych mutacji, które mogą powodować występujące objawy. Dlatego to o 11% większa szansa na diagnozę – a to bardzo dużo!

• zmiany liczby kopii (CNV — mikrodelecje i mikroduplikacje). Są to zmiany, które polegają na ubytku małych fragmentów DNA — podobny rodzaj zmian jest sprawdzany jest w badaniu mikromacierzy (aCGH). Zmiany liczby kopii mogą być przyczyną różnorodnych zaburzeń, w tym intelektualnych i neurologicznych — są więc w przypadku wielu zaburzeń bardzo istotne.
• zmiany w DNA mitochondrialnym (mtDNA). Nasze DNA znajduje się w każdej komórce naszego organizmu. Każda komórka składa się z różnych części, w tym z jądra. W jądrze komórki jest umiejscowione nasze główne DNA — jest ono bardzo długie i decyduje o większości aspektów zdrowotnych. Okazuje się jednak, że istnieje również drugi rodzaj DNA, które mieści się w mitochondriach — częściach komórki odpowiedzialnych za magazynowanie energii. Sprawdzenie DNA mitochondrialnego może być istotne w przypadku podejrzenia choroby mitochondrialnej, zaburzeń pracy układu mięśniowego czy nerwowego (w tym padaczek).

#2 Jakie bazy danych są użyte do analizy?

• bazy powszechnie dostępne, bezpłatne (jedną z największych jest baza ClinVar, mniejsze to np. DECIPHER, LOVD)
• bazy, do których dostęp można mieć tylko po opłaceniu subskrypcji (np. HGMD)
• bazy własne laboratorium, tworzone na podstawie dotychczas wydanych wyników, ale również na podstawie dostępu do najnowszych badań i literatury medycznej. Na stworzenie takiej bazy własnej danych mogą sobie pozwolić jedynie największe i najlepsze laboratoria, dysponujące zapleczem wyspecjalizowanych pracowników. W niektórych laboratoriach dzięki bazie własnej można praktycznie co miesiąc aktualizować zakres badanych zmian.

#3 Jakie certyfikaty i akredytacje posiada laboratorium?

Dlaczego certyfikaty są tak istotne? Ponieważ świadczą o tym, że laboratorium stosuje proces analizy, który zapewnia wiarygodność wyników. Dla pacjenta oznacza to po prostu pewność diagnozy i to, że nic nie zostało przeoczone.

W Polsce nie ma jasnych, usystematyzowanych przepisów dotyczących badań genetycznych i tego w jaki sposób i przez kogo powinny być wykonywane. Tym samym nie ma jednego standardu dotyczącego procesu analizy i oceny wiarygodności wyników badań WES.  Niestety taka sytuacja oznacza, że w Polsce badanie WES może być wykonywane również przez niedoświadczone instytucje, które nie podlegają praktycznie żadnej kontroli.

Jak więc ocenić kto i w jaki sposób wykona badanie mojego dziecka? Jak mieć pewność wiarygodności wyniku? Pomocne jest sprawdzenie, czy pomimo braku wymogów formalnych, laboratorium dba o najwyższą jakość zdobywając certyfikaty i akredytacje uznanych polskich i międzynarodowych instytucji zewnętrznych.

Certyfikaty to gwarancja, że laboratorium spełnia restrykcyjne normy i standardy diagnostyczne – jest to wymierny wskaźnik jakości analizy i wiarygodności wyniku.

---

Przykładowe cenione międzynarodowe instytucje akredytujące, certyfikujące i nadające rekomendacje:

Przykładem instytucji, która ustanawia dobre praktyki i standardy analiz NGS (w tym badania WES) jest EMQN – Europejska Agencja Kontroli Jakości Badań Genetycznych. Zdobycie wysokiej punktacji i certyfikatu nadawanego przez EMQN jest bardzo cenne – wymaga bowiem zbudowania takiego procesu wykonania badania, który zapewni powtarzalność i wiarygodność analizy.

EMQN to naukowa organizacja non-profit, która promuje jakość testów genetycznych.  Jej celem jest ustalenie jednolitych standardów i dobrych praktyk dotyczących testów DNA. Dla każdego rodzaju badań przeprowadzane są osobne testy i wydawane osobne certyfikaty. Dla pewności jakości badania WES, laboratorium powinno posiadać certyfikat EMQN dla badań genetycznych wykonywanych metodą NGS (sekwencjonowania nowej generacji).

#4 Jaka jest średnia głębokość pokrycia?

Czym jest tajemnicza 'głębokość pokrycia’? I dlaczego jest tak istotna dla wiarygodności wyniku? Postaramy się to jak najprościej wytłumaczyć. Podczas sekwencjonowania, czyli odczytywania budowy genów pacjenta natrafia się na różne regiony analizowanego materiału. Niektóre z nich łatwo jest odczytać, inne są trudne.

Aby mieć więc pewność, że dana zmiana faktycznie występuje u danego pacjenta nie wystarczy sprawdzić (odczytać) ją tylko raz. Nie daje to pewności czy ona faktycznie istnieje, czy nie jest przypadkiem błędem odczytu maszyny. Sytuacja może być również odwrotna! Przy zbyt małej ilości odczytów może się okazać, że jakaś mutacja zostanie przeoczona!

Najlepsze badania WES – gwarantujące wiarygodność i jakość wyniku osiągają średnie pokrycie na poziomie 100x – oznacza to, że materiał genetyczny jest odczytywany średnio 100 razy. Jest to przyjęta wartość minimalna dla obszarów DNA pacjenta, które jest najtrudniejsze w analizie. Jeżeli obszar jest łatwiejszy do odczytania – taka ilość się zwiększa do 200-300 razy!

Należy pamiętać, że im głębsze pokrycie, tym pewniejszy rezultat, natomiast wiąże się to również z wyższymi kosztami analizy, czyli wyższą ceną.

To kolejny aspekt, który potwierdza, że niska cena nie powinna być argumentem za wyborem danego badania – trzeba mieć pewność co za nią i czy nie ma ona wpływu na niższą jakość analizy!

#5 Czy zostaną zaraportowane zmiany rzadkie – typu VUS?

Czym są zmiany typu VUS? Skrót ten pochodzi z języka angielskiego (Variant of Uncertain Significance) i można go przetłumaczyć jako wariant (mutacja w genie) o niepewnym znaczeniu/ważności. Dlaczego takie warianty są ważne? Żeby to zrozumieć trzeba poznać powszechnie przyjęty podział mutacji w genach wg ich wpływu na zdrowie:

• mutacje patogeniczne (bardzo ryzykowne, niebezpieczne, które występują u większości osób z objawami danej choroby) – zawsze raportowane na wyniku badania WES,
• zmiany VUS (o niepewnej patogeniczności – nieznanym znaczeniu) – nie wszystkie laboratoria raportują tego typu zmiany!
• zmiany łagodne (które występują u większości osób zdrowych i nie prowadzą do wystąpienia objawów choroby) – takich zmian się nie raportuje wyniku badania WES.

W pierwszej kolejności poszukuje się więc mutacji patogennych w genach skorelowanych z występującymi objawami – jednoznacznie świadczących o przyczynie objawów pacjenta. Jeżeli jednak takie zmiany nie zostaną znalezione, należy zacząć szukać rzeczy mniej oczywistych – zmian VUS.

Są to zmiany rzadkie, często wykrywane są u danego pacjenta po raz pierwszy na świecie! Jeżeli jednak taka zmiana jest znaleziona w genie, który bardzo pasuje do objawów występujących u pacjenta, może ona okazać się przyczyną choroby.

Lekarz genetyk na podstawie wyniku, ocenia czy taka zmiana może stanowić podstawę do postawienia diagnozy.

Jeżeli zmiany VUS nie są raportowane, zmniejsza się szansa na prawidłową diagnozę!

#6 Co jest zaraportowane na wyniku badania WES (informacje diagnostyczne vs niezwiązane z objawami)

Zakres badania (czyli to jakiego rodzaje zmian są sprawdzane i w jakich częściach genów) to jedno. Natomiast zupełnie osobną kwestią jest to co zostanie zaraportowane na wyniku. Każde laboratorium może mieć inny standard i podejście do tego co zostanie finalnie umieszczone na wyniku.

W Europie Zachodniej istnieją jednoznaczne restrykcje prawne co do tego jakie informacje mogą zostać przekazane Pacjentowi na wyniku badania genetycznego. Wynik jest ograniczony do tych zmian, które z największym prawdopodobieństwem stanowią przyczynę objawów pacjenta – tak aby diagnoza była jak najbardziej precyzyjna i pewna i nie pozostawiała wątpliwości.

Dopuszczalne jest również raportowanie zmian niezwiązanych z objawami – jednak z ograniczeniem do tych, które można leczyć i istnieje terapia lub działania profilaktyczne umożliwiające zahamowanie ewentualnego rozwoju choroby w przyszłości. Najczęściej pod tym kątem sprawdzane są geny z  listy rekomendowanej przez ACMG (American College of Medical Genetics).

Takie ograniczenia są podykotowane kilkoma względami:

• każdy z nas ma setki mutacji w genach – większość z nich jest łagodna i nie prowadzi do pojawienia się objawów choroby, niektóre z nich faktycznie są ryzykowne, ale mówimy tu tylko o RYZYKU, a nie PEWNOŚCI rozwoju choroby w przyszłości,
• informacje o mutacjach w genach, które nie powodują obecnie objawów mogą doprowadzić do błędnej interpretacji przez pacjenta i do niebezpiecznych sytuacji, w których pacjent samodzielnie rozpoczyna działania 'profilaktyczne’ mogące mu zaszkodzić, np. oparte na medycynie alternatywnej lub zmianie diety czy trybu życia (jest to szczególnie ryzykowne w przypadku DZIECI).
• informacja o ryzyku rozwoju nieuleczalnej choroby może obciążyć pacjenta psychicznie na całe życie i wpłynąć na jego życiowe decyzje, podczas gdy choroba nigdy się nie rozwinie.

Jeżeli badanie WES jest wykonywane w zagranicznym laboratorium i nie zostanie wykryta przyczyna objawów pacjenta, wynik prawdopodobnie będzie 'czysty’. Nie oznacza to, że wynik jest bezwartościowy. Oznacza to po prostu że na dany moment w ramach badanych części i zmian w genach nie zidentyfikowano przyczyny choroby! Jest to wykluczenie tysięcy chorób wrodzonych i ogromne zawężenie dalszych poszukiwań.

Pacjent może mieć wrażenie, że zapłacił 'za nic’, w rzeczywistości jednak za takim wynikiem kryje się ogromna praca wielu osób i skomplikowany proces analityczny, a wynik ma konkretną wartość dla lekarza prowadzącego! 

W Polsce na razie jest większa dowolność co do tego jakie informacje może otrzymać Pacjent na wyniku badania genetycznego. I tutaj zależy to od tego jaki standard wybierze laboratorium. Na wielu wynikach badań WES dostępnych w Polsce są raportowane szerokie informacje o zmianach niezwiązanych z objawami  – np. mutacje uznane jako patogeniczne wg bazy danych ClinVar.

Należy pamiętać, że wszystkie informacje o mutacjach niezwiązanych z objawami należy skonsultować z lekarzem genetykiem i NIGDY NIE WPROWADZAĆ LECZENIA, CZY POSTĘPOWANIA PROFILAKTYCZNEGO na 'własną rękę’. Można po prostu w ten sposób zaszkodzić pacjentowi.

---

Wyobraźmy sobie prosty przykład – na wyniku badania istnieje informacja o mutacji patogenicznej w genie HFE stanowiącej ryzyko do rozwoju hemochromatozy – choroby polegającej na gromadzeniu się w organizmie toksycznego żelaza, które z czasem uszkadza różne narządy i może prowadzić do śmierci. Rodzic otrzymuje taki wynik, poszukuje samodzielnie informacji o hemochromatozie w Internecie i wniosek nasuwa się sam – należy ograniczyć żelazo w diecie dziecka, aby ustrzec jej przed jego toksycznym działaniem. Może to jednak przynieść ogromne szkody w młodym organizmie, a nawet zahamować jego wzrost i rozwój! Tymczasem hemochromatoza rzadko rozwija się u dzieci i bardzo rzadko wymaga leczenia w takim młodym wieku. Aby stwierdzić czy leczenie (w tym odpowiednia dieta) są konieczne, należy wykonać szczegółowe badania biochemiczne, a całe leczenie polega głównie na upustach krwi i powinno się odbywać pod opieką lekarza! Rodzic chcąc uchronić dziecko 'na własna rękę’, może mu bardzo zaszkodzić!

---

Co jeszcze warto wiedzieć o wyniku badania WES?

⭐ Wynik badania genetycznego powinien być przygotowany przez diagnostę laboratoryjnego ze specjalizacja z laboratoryjnej genetyki medycznej. Prawo wymaga, aby wynik był podpisany przez co najmniej dwóch diagnostów laboratoryjnych.

⭐ Na wyniku powinno być jasno określone na jakim urządzeniu (z wykorzystaniem jakiej technologii) zostało przeprowadzone przygotowanie bibliotek genów oraz jaki protokół został wykorzystany do analizy. Zastosowanie oryginalnej aparatury oraz odczynników jest bardzo istotne dla jakości analizy i najwyższej dokładności.

#7 Informacje o 'predyspozycjach’ genetycznych – czy to realna wartość dla pacjenta czy chwyt marketingowy?

Żeby odpowiedzieć na to pytaniem, należy najpierw zastanowić się nad tym czym są 'predyspozycje’ generyczne. Czy na podstawie informacji i budowie naszych genów możemy uzyskać w 100% pewną wiedzę o tym jak powinniśmy się odżywiać, jaka jest nasza uroda, jakie mamy uzdolnienia, czy jaki sport powinniśmy uprawiać i jaki powinniśmy mieć zawód? Wiele firm proponuje tego typu analizy za niemałe pieniądze.

Predyspozycje genetyczne mogą tylko w pewnym stopniu wpływać na faktyczny stan naszego zdrowia. Tego typu aspekty nie są do końca zbadane. Wiadomo, że sama budowa pojedynczego genu nie musi oznaczać, że działa on w określony sposób i jednoznacznie wpływać na to jacy jesteśmy. Jego działanie może być bowiem regulowane na przykład przez inny gen lub inny mechanizm, którego działania na ten moment nie znamy. 

Nie da się również jednoznacznie określić jaki wpływ na nasz rozwój i działanie naszego organizmu mają czynniki środowiskowe – miejsce i sposób wychowania, dieta, otoczenie, społeczność, jakość powietrza czy wody.

Zupełnie inna sytuacja ma miejsce, kiedy sprawdzamy budowę genów celach diagnostycznych. Wtedy mutacja w którymś z nich – w zestawieniu z objawami pacjenta może dużo powiedzieć o ich przyczynie i sposobie leczenia. Dlatego też badania genetyczne powinny służyć przede wszystkim celom diagnostycznym!

Czy informacje o 'predyspozycjach’ genetycznych naszych dzieci są etyczne?

I czy w ogóle powinny być udostępniane rodzicom? Każdy chce jak najlepiej dla swojego dziecka – każdy rodzic zrobi wszystko, aby było zdrowe i szczęśliwe. Trudno więc oprzeć się pokusie, aby zyskać pewność w która stronę powinniśmy pokierować naszym dzieckiem, aby było szczęśliwe i w przyszłości spełniało się zawodowo, jakie sporty powinno uprawiać, jaka dietę stosować i co robić aby było 'ładne’.

Istnieje więc ryzyko, że na podstawie badania 'predyspozycji’ rodzic zacznie 'projektować’ życie swojego dziecka i mocno wpływać na jego wybory, ignorując to czego dziecko naprawdę chce (zakładając, ze jest w takim wieku ze potrafi się samo określić).

U dzieci i osób chorych badania genetyczne powinny przede wszystkim być wykonywane w celu postawienia diagnozy i wdrożenia leczenia! Wynik powinien być zawsze skonsultowany z lekarzem genetykiem, a dziecko objęte opieka specjalistów! Leczenie takich osób powinno być ukierunkowane i restrykcyjnie przestrzegane.

#8 Obszary intronowe – ile można ich zbadać?

Czym są introny? W uproszczeniu – każdy gen składa się z eksonów i intronów. Eksony kodują białka, są dobrze poznane i są one podstawą analizy WES. Introny to sekwencje niekodujące białek w genach. Do niedawna podejrzewano, że nie mają one wpływu na rozwój chorób wrodzonych. Od kilku lat jednak wiedza o intronach systematycznie się rozszerza, a nowe odkrycia wskazują, ze zmiany intronach również mogą być niebezpieczne i wpływać na diagnozę pacjenta.

 

---

Zapraszamy do >> Grupy na temat badania WES <<!