Omawiamy sytuację, która pokazuje jak ważny w diagnostyce genetycznej jest dostęp do płatnych baz danych oraz wiedzy specjalistycznej popartej odpowiednią certyfikacją instytucji zewnętrznych. W dwóch laboratoriach – jednym certyfikowanym, drugim – nie, wydano dwa różne wyniki mogące zaważyć na diagnozie małego pacjenta. A co za tym idzie – na jego dalszym leczeniu!
Warto pamiętać, że rodzic czy lekarz innej specjalizacji niż genetyk (np. neurolog) nie musi mieć dostatecznej wiedzy, aby wnikliwie zinterpretować wynik badania WES. Jeżeli wskazuje on błędne informacje, istnieje ryzyko że pacjent nie otrzyma właściwej pomocy. Ze względu na błędną diagnozę albo jego leczenie zostanie pokierowane niewłaściwie, albo diagnostyka zostanie zakończona co również jest szkodą dla pacjenta, ponieważ zamyka drogę dalszych poszukiwań.

Zapraszamy do zapoznania się z historią, która wydarzyła się niedawno

 

Jakiś czas temu pacjenci wykonali analizę WES PREMIUM TRIO w laboratorium testDNA (analiza wykonywana w CeGat – cenionym i certyfikowanym laboratorium, korzystającym z ogromnych płatnych baz danych oraz obszernej bazy własnej zbudowanej na setkach wykonanych analiz). Badanie WES TRIO PREMIUM (dziecko + rodzice) nie wykazało żadnych zmian w genach, które mogą mieć wpływ na stan zdrowia pacjenta. Wynik był więc 'czysty’.

Po jakimś czasie rodzice z wykonali podobną analizę w jednym z polskich laboratoriów (korzystającego z bezpłatnych baz danych, bez certyfikacji). I tutaj niespodzianka – wynik wskazał jedną zmianę w genie XYZ (celowo nie podajemy poprawnej nazwy genu i mutacji), którą wg informacji na wyniku ‘można skorelować z objawami pacjenta’. Została ona zakwalifikowana przez diagnostę wg kryteriów ACMG jako PRAWDOPODOBNIE PATOGENICZNA.
Łatwo więc wywnioskować, że wg wyniku, po długim czasie poszukiwań nareszcie można postawić diagnozę! Tak wcale jednak nie jest…

SKĄD TA ROZBIEŻNOŚĆ? DLACZEGO WES PREMIUM TRIO NIE ZARAPORTOWAŁO TEJ ZMIANY?

‼ Mutacja w genie XYZ była widoczna w pierwszym etapie analizy badania WES PREMIUM, ale świadomie nie została zaraportowana, ponieważ z medycznego i naukowego punktu widzenia ten wariant jest daleki od wyjaśnienia zaburzenia pacjenta. Znaczenie kliniczne i rola genu XYZ są całkowicie nieznane, a zatem warianty w takich genach nie mogą być interpretowane jako wartościowe z punktu widzenia medycyny. Zaraportowanie go na wyniku może wprowadzić w ogromny błąd rodziców, a także lekarzy innych specjalizacji niż genetyka.

O co chodzi? Dlaczego zmiana w genie XYZ nie powinna się znaleźć na wyniku badania WES?

• W ogromnej PŁATNEJ bazie danych (HGMD), do której polskie laboratorium niemiało dostępu, jedynie dwukrotnie wspomniano o jakiekolwiek mutacji w genie XYZ. Żadna z nich nie jest mutacją wykrytą u pacjenta. W obu przypadkach została ona wykryta u osób, u których problemem były inne objawy niż u naszego pacjenta. Natomiast również w obu przypadkach określono ją jako nie mającą wpływu na pojawienie się objawów i nie uznano jej za przyczynę choroby. Dodatkowo są to dość stare odkrycia (z 2014 i 2015) – od tej pory pomimo dynamicznego rozwoju genetyki nie wprowadzono żadnych informacji na temat działania genu XYZ – uznaje się go więc jako NIEISTOTNY DLA DIAGNOSTYKI objawów wskazanych przez pacjenta na ten moment. Co więcej – nie znaleziono na całym świecie dowodów, że ten gen ma wpływ na rozwój jakiejkolwiek choroby u człowieka. Należy pamiętać, że polskie laboratorium wykonujące ponowne badanie WES wg opisu na wyniku NIE MIAŁO DOSTĘPU DO TEJ BAZY HGMD – nie mogło więc mieć tych informacji.

• Określenie znalezionej zmiany na wyniku jako PRAWDOPODOBNIE PATOGENICZNEJ (czyli takiej, która z dużym prawdopodobieństwem powoduje objawy u pacjenta) wg wytycznych ACMG (American College of Medical Genetics) jest z naukowego punktu widzenia WĄTPLIWE. Klasyfikacja ta nie powinna zostać użyta w tej sytuacji, ponieważ dana mutacja nie spełnia założeń wspomnianych wytycznych!

• Nie znaleziono podstaw w światowej literaturze naukowej do zaraportowania tej zmiany i jej wpływu na zdrowie pacjenta. Warto się przyjrzeć literaturze użytej na wyniku polskiego niecertyfikowanego laboratorium jako argumentacji co do związku mutacji z objawami:
👉 Pierwsza cytowana praca jest podstawowym badaniem opisującym przypuszczalną funkcję regulatora białka X. Może to wskazywać na rolę białka X w tym eksperymencie, ale nie można tego przenieść na żywy organizm ludzki bez dalszych badań.
👉 Drugi artykuł jest również badaniem podstawowym, opisującym funkcje białka X i prawdopodobny wpływ na możliwe objawy autyzmu. Nie można znaleźć w tej publikacji wzmianki o genie XYZ!!!

👉 Trzeci artykuł omawia związek konkretnych wariantów de novo (mutacje nie dziedziczne), z prawidłowym przycinaniem synaptycznym, ponownie nie można znaleźć wyraźnej informacji o roli genu XYZ w rozwoju objawów zgłaszanych przez pacjenta.

 

👉 Wspomniane prace są nie tylko dość 'stare’ – pochodzą z 2014 i 2017, ale również czysto hipotetyczne – nie mające potwierdzonej klinicznie implikacji klinicznej (czyli wpływu na ludzki organizm). 👈

 

‼ W opisie wyniku badania, jak również w przywołanej literaturze nie został wspomniany żaden przypadek kliniczny, w którym wskazana zmiana została uznana za powodującą objawy pacjenta (eksperymenty dotyczą modeli zwierzęcych, na podstawie których nie można stwierdzić że taki sam mechanizm działania genu zaobserwujemy u człowieka). Oznacza to, że do tej pory u żadnej osoby na świecie, która miała objawy podobne do naszego pacjenta nie wykryto zmiany w genie XYZ, którą można było uznać za przyczynę choroby!

👉 Każdy z nas jest nosicielem wielu mutacji w genach, które nie powodują objawów klinicznych. Celem badania do celów diagnostycznych takiego jak WES jest wykrycie przyczyny występujących zaburzeń. Na osobie dokonującej interpretacji klinicznej ciąży bardzo duża odpowiedzialność. Nieprawidłowe wskazanie przyczyny objawów może prowadzić do zastosowania błędnego schematu terapeutycznego, co może skutkować pogorszeniem stanu zdrowia pacjenta.